Dat veranderde toen extremistische Arabische terreurgroepen als al-Qaida Tsjetsjenië tot een van de nieuwe fronten in de wereldwijde jihad uitriepen. Halverwege 2000 voerden Arabische strijders de eerste terreuraanvallen in Tsjetsjenië en aangrenzende republieken uit.
De strijders gebruikten methoden die typisch voor het Midden-Oosten zijn. Ze reden met vrachtwagens vol explosieven op militaire doelen in. Later kwamen daar zelfmoordaanslagen op burgerdoelen bij – in het geval van Tsjetsjenië in de regel door vrouwen uitgevoerd.
Tsjetsjenië is in de afgelopen jaren tot een broeinest van terrorisme verworden. De anarchie, het aanhoudende geweld en het daarmee gepaard gaande wijdverbreide wapenbezit maakten het land tot een vrijhaven voor terreurgroepen, die er talloze trainingskampen opzetten. Veel terroristen die worden ingezet in de strijd in Irak of Afghanistan hebben hun opleiding in Tsjetsjenië genoten.
Rebellenleider Basayev, die zich eerder altijd als verdediger van de nationale belangen van Tsjetsjenië had opgeworpen, verklaarde in 2006 dat hij „de plicht om de wereldwijde jihad uit te voeren volbracht.”
Het Russische leger heeft de afgelopen jaren meedogenloos tegen terroristen in Tsjetsjenië en aangrenzende staten opgetreden. In 2006 kwam Basayev om het leven – tot dan toe de meest gezochte terrorist in Rusland. In november van dat jaar doodden Russische veiligheidstroepen de leider van de buitenlandse strijders in Tsjetsjenië, de Jordaniër Abu Hafs al-Urdani, die banden met al-Qaida onderhield.