Het schip heeft zijn huidige vorm gekregen in 1625. De kerk kreeg het zwaar te verduren in de Tachtigjarige Oorlog, met name tijdens de gevechten in 1572, zegt M. Knoester, voorzitter van het college van kerkrentmeesters van Aagtekerke.
Het kerkgebouw is een gaaf voorbeeld van een dorpskerk uit de zeventiende eeuw. Het heeft een eenbeukig schip met tongewelf, met in de noord- en zuidgevel vier spitsbogige vensters. In de negentiende eeuw zijn er een consistorie en school aangebouwd, waaraan de hoge ramen herinneren. Leerlingen mochten immers niet naar buiten kijken. Het schooltje werd in de twintigste eeuw een gemeentehuis. Momenteel is de ruimte in gebruik als bibliotheek en vergaderruimte van de kerk.
Bijzonder is het grafmonument van Hendrik Thibaut, heer van Aagtekerke, burgemeester van Middelburg en bewindhebber van de Vereenigde Oost-Indische Compagnie. Man, vrouw en kind Jacoba, vermoedelijk allen bezweken aan de pest, werden er begraven. Het monument werd in 1669 vervaardigd door de beroemde beeldhouwer Rombout Verhulst, die ook de praalgraven van de zeehelden Tromp en De Ruyter maakte.
In de achterste bank zit nog de beeltenis van de patroonheilige Agatha. Aan haar herinnert ook de voormalige pastorie, die de naam Agatha op de voorgevel draagt. De preekstoel is een van de oudste voorwerpen van de kerk, daterend uit 1625.
Tegen de kerk aan was oorspronkelijk het armenhuis gevestigd. Fietsenhandelaar Leo Joosse heeft er nu zijn bedrijf. De eerste steen, met daarop vermeld ”ds. G. F. Kruijt, 29 juni 1867”, herinnert aan het oorspronkelijke onderkomen. Het terras van de woning biedt uitzicht op de kerk, die in 1956 voor het laatst werd gerestaureerd.
De rust is er weldadig. „Zeg nu zelf, wie heeft er nu zo’n mooie kerk en toren in zijn tuin”, lacht Joosse.