Fontanus deed nog meer. In 1591 was hij de bewerker van de oprichting van een gymnasium, stelde zijn pastorie ter beschikking aan een Franse school en werkte mee aan de realisatie van een hogeschool in Harderwijk.
Op 70 jarige leeftijd overleed deze uitmuntende prediker. Over zijn sterven is bekend dat hij, toen hij zijn einde heel dichtbij voelde, zijn schoonzoon vroeg een gebed te doen. Onder dit gebed maakte hij de wijsvinger van zijn rechterhand nat, streek daarmee zijn oogleden toe en gaf de geest, zonder ook maar één zucht te slaken.
Hij stierf in de Heere gerust, maar was de laatste jaren van zijn leven weggekwijnd vanwege het opkomende en in omvang toenemende remonstrantisme. Daarover stortte hij regelmatig zo veel tranen „dat ze langs zijn baard en zijn casakke vloten en op de aarde biggelden.” Fontanus heeft niet één prekenbundel nagelaten; hij was geen schrijver. Wel een preker. Van vrije genade.