De jongen hoort thuis ook radicale opvattingen verkondigen, die onmiskenbaar een stempel drukken op de vorming van zijn persoonlijkheid en visie op de wereld om hem heen. Darwins grootvader Erasmus ontkent openlijk het bestaan van God en geeft met zijn boek ”Zoönomia” de eerste aanzetten voor de evolutietheorie, al is zijn kleinzoon later erg teleurgesteld over het grote aantal speculaties. De excentrieke geleerde noemt het unitaristische geloof van Josiah Wedgwood, Charles’ andere opa, smalend „een vederbed om gevallen christenen op te vangen”, maar kan het verder uitstekend met hem vinden. Beiden hebben weinig op met de Engelse staatskerk en wisselen met intellectuele gelijkgestemden als Matthew Boulton, Joseph Priestley en James Watt van gedachten.
Vreemd genoeg laat vader Robert, binnenskamers eveneens een vrijdenker, zijn zoon op 15 november 1809 in de imposante St. Chad’s Church door een anglicaanse geestelijke dopen. Nicolle: „Geen uiting van verbondenheid, maar een daad van berekening. Deze plechtigheid kon later wel eens gunstig voor zijn zoon uitpakken. De Anglicaanse Kerk, in die dagen de hoeksteen van de Britse samenleving, beschouwde andersdenkenden immers als tweederangsburgers.”
Zijn echtgenote, oudste dochter van de kreupele aardewerkindustrieel, blijft haar geloof trouw. Op zondag gaat Susannah (”Sukey”) met haar kinderen naar de Unitarian Church in de nu drukke High Street en luistert ze naar de dwaalleer van George Case, die de godheid van Jezus en de drie-eenheid van God loochent. Het jaartal 1662 op de gevel verwijst naar Black Bartholomew’s Day op 24 augustus, als de puriteinse godgeleerde Thomas Brooks, de baptist John Bunyan en honderden andere geestelijken in het land uit de staatskerk worden geworpen, omdat ze weigeren gehoor te geven aan de opgelegde regels van de overheid.
Een wandbord in de sobere kerk memoreert het feit dat ook de kleine Charles de diensten bijwoont. Dominee Case geeft hem bovendien doordeweeks les, want om zijn inkomen aan te vullen is de prediker thuis een schooltje begonnen. Kort na zijn achtste verjaardag loopt het ventje elke morgen over de Welsh Bridge en dan via smalle kronkelstraatjes naar de pastorie in Claremont Hill. Na schooltijd rent Charles terug naar huis, waarbij hij moet uitkijken dat de honden in Barker Street hem niet in de kuiten bijten.